სახელწოდება მარნეული ქართული წარმოშობისაა და მას რამდენიმე ახსნა მოეპოვება. სიტყვა მარანი VIII საუკუნიდან არსებობს და აღნიშნავს ღვინის დასაყენებელ და შესანახ ადგილს. ასევე, მარნეული არის მცენარის სახეობაც. სულხან-საბა ორბელიანის განმარტებით, მარნეულის არის მარნას (მცენარე) რტოსგან.
„XVII საუკუნეში ირანის შაჰმა აბას I-მა აქედან აყრილი მკვიდრი ქართული მოსახლეობის ნაცვლად ამ ადგილას ბორჩალუს თურქმანული ტომი დაასახლა, შემდგომში, დასახლებასაც ბორჩალო ეწოდა. 1947 წელს აღადგინეს ძველი ქართული სახელწოდება მარნეული. “